ITMI, sebagai organisasi yang sah memiliki tatanan struktur organisasi ditingkat pusat (Nasional) sebagai berikut:
Pengurus Pusat
- Ketua Umum: Ust. H. Yogi Madsuni
- Ketua Bidang Organisasi: Eka Setiawan, S.Pd
- Ketua Bidang Pendidikan dan Dakwah: Ust. H. Heppi Septian, S.Ag
- Ketua Bidang Pemberdayaan dan Kemuslimahan: Ust. H. Ipan Hidayatulloh, S.Pd, M.Pd
- Sekretaris Umum: Heri Mujianto, S.H.I, M.Pd
- Bendahara Umum: Ajad Sudrajad
- Sekretaris : Irfan Priyadi, S.S
- Bendahara : Ust. Ahmad Solihin, S.Th.I
Departemen-departemen
- Ketua Departemen Pembinaan Wilayah dan Daerah: Hidayat
- Ketua Departemen Hukum dan Advokasi: Abdullah Fikri, S.H.I, M.Si
- Ketua Departemen Pendidikan: Ust. Ali Afandi, S.Ag
- Ketua Departemen Dakwah: Ust. H. Sahril Laode Sika, S.Ag
- Ketua Departemen Taklim: Ust. Asep Kosasih, S.Pd.I
- Ketua Departemen Pemberdayaan Ekonomi dan Ketenagakerjaan: Dra. Lies H. Agustarini
- Ketua Departemen Potensi Muslimah: Synthia Cempaka Dewi
- Ketua Departemen Kepemudaan dan Manajemen Crisis Center: Amin Rasyid, S.Pd
Unit Media Informasi, Publikasi, Riset & Teknologi
- Ketua: Drs. Toto Sugihatno
- Anggota: Pii Jali Fadli, S.Pd
- Anggota: Dwi Citolaksono, S.Pd
- Anggota: Roja Mubarok
Majlis Syura
- Ketua: Ust. Ahmad Rojiin Faqih
- Wakil Ketua: Ust. Aidin
- Sekretaris: Ust. Furqon Hidayat, S.Pd
- Anggota: Ust. Drs. M. Nadjmudin
- Anggota: Ust. Widodo Sulistianto, M.Pd
- Anggota: Ust. Drs. Entis Sutisna
- Anggota: Ust. Sumardi, S.Pd.I
- Anggota: Ust. Son Haji



